Orellana P.1, Álvarez K.1, Villarroel C.1, Simian D.1, Estay C.1, Kobayashi M.1, Kawashi H.1, Kronberg U.1, Carvallo P.2, López F.1.
1Laboratorio de Oncología y Genética Molecular, Unidad de Coloproctología, Clínica Las Condes, Santiago, Chile; 2Departamento Biología Celular y Molecular, Facultad Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Católica de Chile, Santiago, Chile.
Introducción: En el cáncer, se han descrito diferentes mutaciones en la vía de señalización del receptor del factor de crecimiento epidermal (EGFR) que favorecen la transformación celular y la metástasis, las cuales han permitido identificar blancos terapéuticos importantes en la nueva medicina personalizada. La sensibilidad del método de detección de estas mutaciones es clave en la correcta aplicación de las terapias. Objetivo: Determinar la sensibilidad de la secuenciación masiva versus secuenciación Sanger en la detección de mutaciones en tumores de colon. Método: Se extrajo ADN desde tumores fijados en formalina y embebido en parafina y/o frescos congelados, pertenecientes a 12 pacientes, previamente estudiados por secuenciación Sanger. Nueve tumores presentan mutación. Se analizaron los genes EGFR-KRAS-BRAF-MAP2K1-PIK3CA-PIK3R1-PTENAKT1 mediante secuenciación masiva. Para ello se diseñó el kit Haloplex (Agilent), se prepararon bibliotecas de ADN que fueron secuenciadas en OMICs Solutions y en Sistemas Genómicos (España) con una cobertura promedio de 100X. Resultados: Mediante secuenciación masiva se detectaron mutaciones patogénicas en el 92% de las muestras (11/12 tumores). Identificamos una mutación en PIK3CA (p.Glu545Ala) en 5 tumores, no detectada por Sanger. En siete tumores se detectaron mutaciones en KRAS (p.Gly12Asp-p.Gly12Arg-p.Gly12Val-p.Gly12Cys), una no identificada por Sanger. En 2 tumores se observaron mutaciones en ambos genes. Se encontraron variantes de significado incierto en PTEN, MAP2K1 y PIK3R1. Conclusión: La secuenciación masiva, en comparación a Sanger, nos permitió detectar mutaciones presentes en un nivel tan bajo como el 20% de las células tumorales. La detección de estas mutaciones podría permitir utilizar tratamiento específicos para cada paciente. FONDECYT#1111020.